En 1364 aparecen estas islas en el mapa de los italianos Domenico y Francesco Pizzigani. Sin embargo, en 1438, Diego Gomes de Sintra, en su viaje de regreso a Portugal desde Guinea proclama haberlas descubierto por casualidad.

Sin embargo, durante la conquista de las Canarias, desde el año 1402, los barcos españoles no dejaron de visitar las Islas Salvajes pero no dejaron población por considerarlas inhabitables (sin agua potable, peligrosos arrecifes y suelo pedregoso) y de nulo valor económico. Dieron por sentado que pertenecían al conjunto de Canarias, pero no se dejó constancia internacional de ello, al igual que tampoco lo había hecho Portugal hasta entonces.

Por otro lado, existe una prueba histórica de que las Islas Salvajes no pertenecían a Portugal tras la proclamación de Gomes de Sintra; y es que en el siglo XV las islas no estaban presentes en la lista de posesiones de la Orden de Cristo (orden del que era gran maestre el rey portugués). De hecho, el historiador luso João de Barros (1496-1570) reconoce que pertenecen a Canarias y Gaspar Frutuoso en su obra “Saudades de Terra” las cita expresamente como pertenecientes a Canarias y al dominio del rey de Castilla (y luego también de Portugal) Felipe II:
“Estas ilhas, chamadas Selvagens, parece que deviam ter sido achadas depois das Canárias por castelhanos, tem senhorio castelhano, como também já agora a Ilha da Madeira com suas adjacentes e estas dos Açores...com que parece ficar este glorioso e poderoso Rei Católico o maior do mundo.”EN los siglos venideros tanto España como Portugal las consideraron suyas. Las islas estuvieron deshabitadas a pesar de tentativas de canarios y portugueses que fracasaron, e incluso hubo portugueses que proclamaron que les pertenecía legalmente como propiedad privada.En 1881 España decide construir un faro en Las Salvajes, ante lo que Portugal protesta. La respuesta española del Ministerio de Negocios Extranjeros, datado de 23 de julio de 1881, fue: "De los antecedentes que existen en el Ministerio de Estado en Madrid, se deduce claramente que no está determinado si la soberanía de la isla pertenece a España o a Portugal."

El proyecto del faro quedó paralizado hasta 1911, año en que España comunicó a Portugal su intención de instalarlo e incorporar definitivamentelas Salvajes a Canarias, pero este acuerdo no llegó a formalizarse.En 1929 el contraalmirante Gago Countinho declara que las islas pertenecen a Madeira y, por tanto, a Portugal y en 1938 fue emitido por una Comisión Permanente de Derecho Marítimo Internacional un dictamen en favor de Portugal. España, que durante estos años libraba la cruenta Guerra Civil, tenía otros asuntos en los que ocuparse y no puede reaccionar ni mandar a quien defienda sus posiciones ante la comisión, por lo que oficialmente, en este siglo XXI aun no ha sido aceptada dicha anexión.

Como último comentario, debemos resaltar que no es esta la primera vez que Portugal no respeta un territorio que es o que ha sido español:

- En 1479, Portugal firma el Tratado de Alcaçovas, pero lo rompe en 1493, después del descubrimiento de América, con objeto de poder sacar algún beneficio. 

- En 1494 firma el Tratado de Tordesillas, que es posteriormente incumplido para ampliar los dominios de Brasil.

- En 1801 firma el Tratado de Badajoz, que lo incumple 4 años más tarde ayudando a la flota inglesa que luchó en Trafalgar.